Sujet: gestion de données de recherche

«Derrière chaque avancée scientifique se cachent des quantités colossales de données. Mais comment obtenir les données nécessaires et comment s’assurer que les chercheurs de Zurich et de Barcelone puissent utiliser les mêmes ensembles de données ? Dans un nouveau livre blanc, le Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) explique comment il entend aborder ces questions de manière stratégique, renforçant ainsi son rôle de partenaire fiable et digne de confiance au sein de la communauté scientifique européenne.»

La capacité croissante de l’intelligence artificielle à passer au crible les ensembles de données ouvertes inquiète certains scientifiques, qui craignent de perdre le contrôle de leurs informations.

Certains scientifiques affirment que le potentiel de la science automatisée à servir la « bonne cause » scientifique — en accélérant, par exemple, la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques — justifie que les données ouvertes restent accessibles à tous. D’autres, en revanche, soulignent que les robots qui extraient des ensembles de données complexes peuvent contribuer à une recherche de mauvaise qualité et à des erreurs d’IA («AI slop»), tout en permettant l’extraction de données sensibles, notamment des informations sur les patients. Ils estiment que de nouvelles règles et de nouveaux systèmes techniques sont nécessaires pour restreindre l’accès des robots aux bases de données.

La HES-SO Valais et le Centre de recherche sur l’environnement alpin (Crealp), fondation à but non lucratif, ont signé une convention de collaboration stratégique sur les effets du changement climatique.

«Cette alliance  doit permettre de mieux anticiper les risques, de valoriser les données scientifiques et de renforcer les solutions au service du territoire alpin», expliquent les deux entités.»

«À la croisée des enjeux scientifiques, sociétaux et politiques, le président et la directrice exécutive des Académies suisses des sciences reviennent, dans cet entretien croisé, sur une année marquée par de profondes transformations. Yves Flückiger et Marianne Bonvin évoquent le rôle des Académies comme espaces de dialogue, de confiance et d’expertise indépendante, les défis liés à la communication et à l’intégrité scientifiques, à l’ouverture de la recherche et à l’ancrage international de la Suisse, ainsi que la responsabilité de la science face aux attentes croissantes de la société.»

La Communauté de recherche allemande (DFG) a lancé une initiative visant à sécuriser les bases de données menacées, stockées sur des serveurs cloud étrangers.  Elle met en garde contre le risque que ces données ne soient plus disponibles pour la science, que ce soit aujourd’hui ou à l’avenir. Il est donc important de sécuriser les données pertinentes et de les rendre accessibles en permanence aux chercheurs locaux. L’objectif principal est de renforcer la résilience des infrastructures de données dans le domaine de la recherche.

La plus importante et la plus grande organisation scientifique autonome pour la promotion de la recherche en Allemagne soutient, dans le cadre de cette initiative, des mesures telles que l’acquisition de capacités de stockage et la mise à disposition de ressources humaines pour l’exploitation, la conservation ou l’agrégation technique des données. Les vérifications juridiques nécessaires ainsi que l’intégration des stocks sécurisés dans des structures et des clouds suprarégionaux ou européens sont également éligibles à un financement. L’accent est mis sur le développement de conditions-cadres et de technologies permettant d’intégrer les référentiels correspondants dans ces réseaux européens.

En substance, la DFG se positionne ainsi en faveur de la souveraineté numérique tant vantée. Il s’agit pour elle de pouvoir disposer de ses propres données, infrastructures et technologies et d’en décider de manière autonome. Le principal problème réside dans le cadre juridique américain, en particulier le Cloud Act. Cette loi autorise les autorités américaines à accéder, dans certaines circonstances, aux données stockées par des entreprises américaines. Cela vaut également lorsque ces bits et octets se trouvent physiquement sur des serveurs situés en dehors des États-Unis.

Cette loi représente un risque considérable pour la recherche allemande, car les informations et les résultats sensibles sont théoriquement exposés à l’accès par des autorités étrangères. Elles pourraient également ne plus être disponibles du jour au lendemain pour des raisons politiques ou réglementaires. La dimension politique entre ici en jeu, notamment sous la forme du président américain Donald Trump. Sa ligne imprévisible et protectionniste, qui pourrait remettre en cause les accords transatlantiques existants, y compris en matière d’échange de données, est considérée comme un signal d’alarme pour les aspirations actuelles à la souveraineté.

Les actions Marie Skłodowska-Curie (MSCA) viennent de publier une mise à jour complète de la Charte verte des MSCA. Des documents d’orientation accompagnent la charte et proposent des recommandations concrètes, des exemples et des outils destinés à aider les chercheurs et les organisations à aligner leurs pratiques de recherche sur les objectifs de durabilité.

Les préconisations couvrent des domaines tels que:

• les déplacements, les événements et les réunions,
• les environnements de recherche gourmands en ressources,
• l’utilisation du matériel, des logiciels et des données,
• les installations, les infrastructures et les achats.

Des chercheurs appellent à une réforme du système scientifique pour renforcer la confiance du public, améliorer les soins aux patient·es et assurer une formation plus fiable des intelligences artificielles. Selon Stephen Curry, conseiller stratégique au Research on Research Institute (Royaume-Uni), il est urgent de lutter contre les «biais de publication», c’est-à-dire la tendance à publier uniquement les résultats positifs ou spectaculaires, au détriment des résultats négatifs ou nuls.

Un article publié dans PLOS Biology dénonce cette culture profondément enracinée, qui conduit à une perte de ressources, un ralentissement de la recherche, une distorsion des preuves scientifiques et des impacts concrets sur les soins médicaux. Les auteurs et autrices affirment que les résultats négatifs sont essentiels, car ils permettent d’éviter les impasses et d’éclairer les recherches futures.

Le texte appelle tous les acteurs de la recherche — financeurs, institutions, maisons d’édition — à s’engager pour la diffusion de toutes les données, quelles qu’en soient les conclusions. Les changements proposés incluent :

• l’obligation pour les chercheurs de publier tous les résultats ;
• une réforme de l’évaluation des chercheurs, axée sur la qualité des hypothèses et des méthodes plutôt que sur le prestige des revues ;
• une ouverture des éditeurs aux résultats négatifs.

Bien que cela représente une charge de travail supplémentaire, Stephen Curry, auteur de cet article, suggère que les financeurs travaillent avec les chercheurs et chercheuses pour concevoir des formats de rapports simples.

Pour enclencher ce changement de culture, les scientifiques derrière l’étude estiment qu’il faudrait le soutien de quelques financeurs ou institutions influentes, comme UK Research and Innovation ou le Conseil européen de la recherche. Ce mouvement s’inscrit par ailleurs dans la continuité des initiatives telles que la Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche (DORA) et la Coalition européenne pour l’avancement de l’évaluation de la recherche (CoARA).

Enfin, ils et elles soulignent que la communauté scientifique semble prête à engager cette transformation, et qu’un soutien institutionnel fort pourrait accélérer le passage à une science plus transparente et complète.

«swissuniversities salue la révision proposée de l’ordonnance sur les brevets (OBI), qui renforcera la sécurité juridique, la transparence et la simplicité des démarches. Elle met en avant deux avancées majeures : une harmonisation internationale accrue, avec l’acceptation des documents en anglais et une réduction des charges administratives, ainsi qu’une numérisation renforcée des procédures, favorisant un traitement plus rapide, des échanges électroniques facilités et une gestion moderne des données. Des améliorations restent toutefois nécessaires sur certains points de cette révision. »

Suite de l’offensive anti-science de l’administration Trump, l’avenir des données de recherche générées ou stockées aux Etats-Unis inquiète des chercheur·euses suisses. «Vont-elles devenir inaccessibles ou cesser d’être produites? Faudrait-il prévoir des programmes de sauvegarde d’urgence?» questionne Le Temps. Dans ce contexte, bien que les chercheur·euses suisses que Le Temps a interrogé·es disent ne pas être entravé·es par de telles pertes actuellement, des initiatives ont vu le jour:

L’une des principales conséquences de l’assaut lancé par l’administration du président Donald Trump contre la recherche a été de mettre les données en péril, en modifiant le financement et l’accès aux dépôts de données et autres collections de données de recherches. Les données climatiques, sanitaires, environnementales et historiques ont toutes été retirées des sites web fédéraux. Ces dernières années, des collections irremplaçables ont été perdues dans le monde entier. Au Soudan, au Mali, en Afghanistan, par exemple, des actions coordonnées auraient pu atténuer l’ampleur des pertes de données, estiment Louise Bezuidenhout (Université de Leiden) et Hugh Shanahan (Université de Londres), qui ont rédigé l’article, souhaitant faire de la censure de Trump un catalyseur pour protéger la recherche partout dans le monde. Les inquiétudes concernant la perte de données accompagnent celles concernant le financement de la préservation des données. Des gouvernements démocratiquement élus – par exemple les Etats-Unis, l’Argentine, les Pays-Bas – ont changé radicalement de cap et les réductions drastiques des budgets de l’enseignement supérieur ont des conséquences importantes sur la recherche et la viabilité à long terme des ressources de recherche.

Et les auteurs de l’article regrettent également le géoblocage des ressources de recherche en libre accès pour les utilisateurs des pays sanctionnés par l’UE, les États-Unis et le Royaume-Uni. «Ces cas mettent en évidence l’influence des politiques nationales sur le système mondial de la recherche et la marginalisation continue de certaines communautés sur la base de valeurs et de politiques nationales. Dans un monde de plus en plus polarisé, des cas similaires de contrôle numérique sont susceptibles de proliférer. […] Quelles pratiques pouvons-nous adopter pour donner à la communauté universitaire l’agilité nécessaire pour répondre aux crises futures ? La science et l’érudition génèrent des connaissances partagées au niveau mondial qui servent l’humanité, et il est important qu’en tant que communauté mondiale de chercheurs, nous continuions à défendre notre liberté académique et l’intégrité de la recherche.»

Donald Trump menace les universités américaines de réduire leurs fonds de recherche. Cela pourrait mettre en danger certains projets de l’Université de Berne. Actuellement, l’institution participe à 15 projets dits «fédéraux américains», pour un budget de 13 millions de dollars (11 millions de francs). Leur durée est de deux à cinq ans. «Une grande partie de ces fonds de recherche provient en premier lieu des National Institutes of Health, qui dépendent du ministère américain de la santé. Rien qu’au cours des 19 dernières années, près de 50 millions de francs auraient ainsi été versés à Berne pour la recherche médicale.» (Nau.ch) Concrètement, un projet de recherche sud-africain sur le VIH risque d’être réduit. Il porte sur le traitement et la prophylaxie des infections dans le pays.

L’Université de Berne risque également d’être impactée au niveau de ses données de recherche. L’Université collabore avec l’agence spatiale Nasa, en particulier concernant les données d’observation des satellites et des instruments de l’agence, et dont le budget sera probablement massivement réduit selon certains rapports. Les sciences du climat seraient également impactées à Berne. «Le meilleur modèle climatique avec lequel je travaille vient du NOAA Geophysical Fluid Dynamics Laboratory à Princeton», explique Thomas Frölicher, professeur au département de physique climatique et environnementale à Berne.

Actuellement, il arrive que des chercheur·euses européen·nes renoncent à se rendre aux Etats-Unis dans le cadre de conférences, congrès ou projets de recherche.

«L’université [de Berne] organisera le 1er mai une séance d’information interne sur la politique de recherche américaine. Il s’agira de discuter de la manière dont l’université et la communauté scientifique suisse pourraient réagir aux attaques de Trump contre la science.» (Der Bund)

«Les scientifiques américains sont sous le choc: menacés de coupes budgétaires massives par l’administration Trump, ils sont aussi confrontés à une purge visant certains sujets rejetés par la nouvelle administration. Les répercussions pour la recherche sont globales.»

L’Observatoire des atteintes à la liberté académique (OALA) est un organisme conjoint à l’Association Française de Science Politique et à l’Association Française de Sociologie créé en 2023. Il a publié une lettre sur la la liberté académique 2024.

Voici quelques actions du gouvernement du président Donald Trump qui concernent les universités, et la recherche en particulier:

• Près de la moitié des chercheurs d’un programme gouvernemental de surveillance épidémiologique ont été limogés. (20 minutes)
• Suppression de sites internet consacrés aux problèmes environnementaux et à la protection du climat (24 heures)
• Suppression de la page des bureaux DEIA (diversité, équité, inclusion et accessibilité), car les programmes de diversité n’existent plus. (24 heures)
• Censure du site des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (24 heures)
• La base de données contenant des données sur le VIH pendant vingt ans a été écrasée. (24 heures)
• «Plusieurs mots ont disparu des sites internet de l’administration du 47e président des États-Unis, comme «transgenre», «inclusion» ou «LGBTQ». Des informations sur des campagnes de vaccination, sur la contraception ou sur l’impact du racisme sur la santé se sont volatilisées.» (24 heures, Tages-Anzeiger)
• «Les employés de la National Science Foundation ont donné au «Washington Post» accès à une liste de mots que la fondation a compilés pour vérifier ses activités. Lorsque le mot «femme» apparaît, il faut vérifier s’il est lié à un thème désormais interdit, que ce soit la diversité ou l’inclusion. «Homme» ne figure en revanche pas sur la liste.

«À l’UNIGE, le programme «Infrastructures et services numériques pour la recherche» propose depuis cette rentrée académique plusieurs nouveautés. En s’appuyant sur les standards des humanités numériques en matière de partage des ressources visuelles, le service hedera facilite désormais l’analyse de données sémantiques, leur interopérabilité et leur partage ainsi que leur traitement éventuel par l’IA.»

L’explosion des neurosciences n’a pas encore apporté grand-chose aux malades mentaux, estime l’autrice de l’article, Eveline Geiser. Pour progresser, des énormes bases de données de scans cérébraux sont nécessaires. L’infrastructure existe, à priori (la European Brain Research Infrastructure (Ebrains)), mais la plupart des scientifiques semblent stockent leurs données dans le meilleurs des cas dans les serveurs de l’université, par crainte que d’autres publient leurs résultat se basant sur leurs scans avant eux.

La manière de créer des incitations durables au partage des données fait l’objet de discussions animées. «Si les décideurs des universités et des instituts de recherche prennent au sérieux l’approche «big data» dans la recherche sur le cerveau, les paroles devraient rapidement être suivies d’actes. Sinon, l’appel à de nouvelles thérapies pour les maladies psychiques restera longtemps inaudible – ce qui reviendrait notamment à gaspiller l’argent des contribuables.»

Actuellement, la recherche d’erreurs dans les articles publiés n’est ni systématique ni récompensée. Par rapport à l’approche ad hoc actuelle, « les découvertes significatives par dollar dépensé seraient en fait plus élevées avec un certain degré de contrôle systématique des erreurs », affirme Ian Hussey, méta-scientifique à l’Université de Berne. «Et un système sérieux de détection des erreurs nécessite des ressources, y ajoute Malte Elson, psychologue à l’Université de Berne. «On ne peut pas s’attendre à ce qu’il fonctionne gratuitement.» Ce dernier et ses collègues ont donc lancé le projet Estimating the Reliability and Robustness of Research (ERROR) en février pour changer cela, qui rémunère des réviseurs qui vérifient les articles de psychologie ou liés à la psychologie les plus cités pour détecter les erreurs de code, d’analyses statistiques et de citations de référence.

Ce projet est financé par le programme Humans in Digital Transformation, un fonds destiné à promouvoir une stratégie de numérisation à l’Université de Berne, avec un soutien de quatre ans et 250’000 francs suisses, les réviseurs sont payés jusqu’à 1’000 francs pour chaque article qu’ils vérifient. Ils reçoivent une prime pour toutes les erreurs qu’ils trouvent, avec des primes plus importantes pour les erreurs plus graves – par exemple, celles qui donnent lieu à un avis de correction majeur ou à une rétractation – jusqu’à un maximum de 2’500 francs. Cette prime s’inspire des programmes de «bug bounty» que les entreprises technologiques, telles que Microsoft et Google, offrent aux pirates informatiques qui trouvent et signalent des failles dans leurs produits.

Pour maximiser l’impact de ses efforts, ERROR hiérarchise les articles les plus cités et contacte les auteurs des études pour leur demander l’autorisation d’examiner leurs travaux. «Pour qu’ERROR soit une réussite, il est important que tout le monde soit d’accord», explique M. Elson, mais l’équipe doit également avoir accès aux données et au code sous-jacents de chaque article, ce que seuls les auteurs peuvent fournir. Et les auteurs sont également rémunérés : 250 francs pour répondre aux questions des évaluateurs et mettre les données à disposition, et 250 francs supplémentaires si l’évaluateur ne trouve que des erreurs mineures ou pas d’erreurs du tout.

«Les scientifiques financés par le FNS doivent déposer leurs sets de données sur des serveurs publics. Une première analyse montre que peu de ces sets sont déclarés au FNS, mais que la plupart d’entre eux respectent les principes FAIR.»

«Pour la première fois en Suisse, quatre institutions académiques prestigieuses, l’Université de Lausanne (UNIL), la Haute école spécialisée de Suisse occidentale (HES-SO), la Haute école pédagogique du canton de Vaud (HEP Vaud), et l’École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) unissent leurs forces pour promouvoir la collaboration, l’innovation et la découverte dans le domaine de la recherche. »