Le Conseil scientifique s’inquiète aussi du fait que son expertise, indépendante et à long terme, ne puisse pas être remplacée par des groupes ponctuels, plus susceptibles d’être politiquement orientés. Cette inquiétude est renforcée par une récente controverse autour du paquet d’économies fédéral, où le CSS a exprimé des critiques contraires à celles d’un groupe ad hoc mandaté par le Conseil fédéral.
Par ailleurs, une révision légale prévoit que ces commissions ne pourront plus communiquer librement avec le Parlement sans l’accord de leur département, officiellement pour éviter des activités de lobbying». Le CSS juge cette justification injustifiée et contraire à la liberté d’expression. Cette restriction semble paradoxale, d’autant qu’elle émane de milieux politiques de la droite bourgeoise qui s’opposent généralement à un encadrement plus strict du lobbying, par exemple concernant la réglementation autour le tabac.
Pour l’auteur de l’article paru dans la Wochenzeitung WOZ, l’ensemble du projet donne l’impression que le Conseil fédéral cherche à réduire une voix indépendante parfois critique. Dans un contexte déjà marqué par les restrictions budgétaires, la méfiance envers la science et les tensions géopolitiques et technologiques, la suppression du CSS serait un «signal préoccupant».